Từ ngày 01/03/2025, tinh bọn bộ máy Cơ quan thuế chỉ còn 03 cấp gồm: Cục Thuế thuộc Bộ Tài chính, 20 Chi cục Thuế khu vực và 350 Đội thuế liên huyện. Việc thay đổi cơ cấu tổ chức cơ quan thuế được thực hiện theo Quyết định số 381/QĐ-BTC ngày 26/02/2025 của Bộ Tài chính quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Thuế thuộc Bộ Tài chính.

Cơ cấu tổ chức của Cục Thuế theo mô hình 03 cấp gồm:

1. Cục Thuế có 12 đơn vị tại Trung ương:

a) Văn phòng;

b) Ban Chính sách, thuế quốc tế;

c) Ban Pháp chế;

d) Ban Nghiệp vụ thuế;

đ) Ban Dự toán, kế toán, thống kê thuế,

e) Ban Quản lý tuân thủ và hỗ trợ người nộp thuế;

g) Ban Công nghệ, chuyển đổi số và tự động hóa;

h) Ban Thanh tra, kiểm tra;

i) Ban Tổ chức cán bộ;

k) Ban Tài vụ, quản trị;

1) Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn;

m) Chi cục Thuế thương mại điện tử.

Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được cấp mã cơ quan quản lý thu và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Văn phòng, Ban Công nghệ, chuyển đổi số và tự động hóa có tư cách pháp nhân, con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn có 05 Phòng; Chi cục Thuế thương mại điện tử có 05 Phòng, Ban Công nghệ, chuyển đổi số và tự động hóa có 05 Tổ; Ban Thanh tra, kiểm tra có 05 Tổ; Văn phòng có 05 Tổ.

2. Chi cục Thuế tại địa phương được tổ chức theo 20 khu vực:

STT	Tên đơn vị	Địa bàn quản lý	Trụ sở chính
1	Chi cục Thuế khu vực I	Hà Nội, Hòa Bình	Hà Nội
2	Chi cục Thuế khu vực II	Thành phố Hồ Chí Minh	Thành phố Hồ Chí Minh
3	Chi cục Thuế khu vực III	Hải Phòng, Quảng Ninh	Hải Phòng
4	Chi cục Thuế khu vực IV	Hưng Yên, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình	Hưng Yên
5	Chi cục Thuế khu vực V	Bắc Ninh, Hải Dương, Thái Bình	Hải Dương
6	Chi cục Thuế khu vực VI	Bắc Giang, Lạng Sơn, Bắc Kạn, Cao Bằng	Bắc Giang
7	Chi cục Thuế khu vực VII	Thái Nguyên, Tuyên Quang, Hà Giang	Thái Nguyên
8	Chi cục Thuế khu vực VIII	Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Yên Bái, Lào Cai	Phú Thọ
9	Chi cục Thuế khu vực IX	Sơn La, Điện Biên, Lai Châu	Sơn La
10	Chi cục Thuế khu vực X	Thanh Hóa, Nghệ An	Nghệ An
11	Chi cục Thuế khu vực XI	Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị	Hà Tĩnh
12	Chi cục Thuế khu vực XII	Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi	Đà Nẵng
13	Chi cục Thuế khu vực XIII	Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Lâm Đồng	Khánh Hòa
14	Chi cục Thuế khu vực XIV	Gia Lai, Kon Tum, Đắk Lắk, Đắk Nông	Đắk Lắk
15	Chi cục Thuế khu vực XV	Ninh Thuận, Bình Thuận, Đồng Nai, Bà Rịa – Vũng Tàu	Bà Rịa – Vũng Tàu
16	Chi cục Thuế khu vực XVI	Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh	Bình Dương
17	Chi cục Thuế khu vực XVII	Long An, Tiền Giang, Vĩnh Long	Long An
18	Chi cục Thuế khu vực XVIII	Trà Vinh, Bến Tre, Sóc Trăng	Bến Tre
19	Chi cục Thuế khu vực XIX	An Giang, Đồng Tháp, Cần Thơ, Hậu Giang	Cần Thơ
20	Chi cục Thuế khu vực XX	Kiên Giang, Cà Mau, Bạc Liêu	Kiên Giang

Chi cục Thuế khu vực có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được cấp mã cơ quan quản lý thu và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Chi cục Thuế khu vực 1 có không quá 19 phòng, Chi cục Thuế khu vực II có không quá 16 phòng. Các Chi cục Thuế khu vực còn lại có bình quân không quá 13 phòng.

3. Đội Thuế quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Đội Thuế liên huyện (gọi chung là Đội Thuế cấp huyện) thuộc Chi cục Thuế khu vực.

Đội Thuế cấp huyện có tư cách pháp nhân, con dấu riêng, được cấp mã cơ quan quản lý thu và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Số lượng Đội Thuế cấp huyện không quá 350 đơn vị.

Cục Thuế có trách nhiệm kế thừa nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của Tổng cục Thuế đang được quy định tại các văn bản quy phạm pháp pháp luật, các hướng dẫn, quy trình, quy chế của Bộ trưởng Bộ Tài chính cho đến khi cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế các các văn bản này. Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm tổ chức, sắp xếp để các đơn vị thuộc và trực thuộc Cục Thuế đi vào hoạt động theo mô hình mới trong thời hạn tối đa 03 tháng kể từ ngày 01/3/2025.